Disamping berupaya pemenuhan hak kesehatan dan kependudukan komunitas Waria melalui kegiatan advokasi, GWL-INA juga memberikan rangkaian peningkatan kapasitas dan penguatan keorganisasian untuk organisasi berbasis komunitas (OBK) Waria yang menjadi anggota jaringan GWL-INA. Kegiatan tersebut bertujuan terutama agar OBK waria mampu memiliki basis keanggotaan yang kuat, manajemen yang baik, dan dapat melakukan penggalangan dana organisasi secara mandiri.